Chrześcijańska tradycja modlitwy za zmarłych swoimi korzeniami sięga mniej więcej trzeciego wieku przed Chrystusem. W Drugiej Księdze Machabejskiej (datowanej na ten właśnie okres) możemy przeczytać, jak Juda Machabeusz sprawił, że złożono ofiarę przebłagalną za zabitych, aby zostali uwolnieni od grzechu (2 Mch 12,45). Podejmując tę tradycję Kościół od początku czcił pamięć zmarłych i ofiarował im pomoce, a w szczególności Ofiarę eucharystyczną by po oczyszczeniu mogli dojść do uszczęśliwiającej wizji Boga. Tertulian (160-240) napisał: 

„W dzień rocznicy [ich śmierci] składamy za naszych zmarłych ofiary”. Na innym miejscu wspominał o pewnej kobiecie, która modliła się za swojego zmarłego męża, by mu uprosić ochłodę. Także św. Jan Chryzostom nawoływał do takiej modlitwy: Nieśmy im [tj. zmarłym] pomoc i pamiętajmy o nich. Jeśli synowie Hioba zostali oczyszczeni przez ofiarę ich ojca, dlaczego mielibyśmy wątpić, że nasze ofiary za zmarłych przynoszą im jakąś pociechę? Nie wahajmy się nieść pomocy tym, którzy odeszli, i ofiarujmy za nich nasze modlitwy. Warto też wspomnieć, że zachowały się setki nagrobków wczesnochrześcijańskich, na których są wypisane modlitwy za zmarłych.

Św. Jakub Apostoł zaprasza każdego z nas: Módlcie się wzajem za siebie, abyście byli zbawieni; albowiem wiele może ustawiczna prośba sprawiedliwego (Jk 5,16). I śmierć tego, za kogo się modlimy niczego tu nie zmienia. U Boga czas – pojmowany jako coś co ogranicza – nie istnieje.

Nic jednak z tego wszystkiego nie da się zrozumieć bez miłości. Jeśli modlimy się za zmarłych, to głównie dlatego, że ich kochamy i w ten sposób okazujemy im naszą miłość, która polega bardziej na uczynkach niż na słowach, jak się wyraził św. Ignacy Loyola. A uczynkiem może być także nasza modlitwa. Miłość bowiem pragnie dawać i udzielać umiłowanemu coś z tego, co jest w jego mocy (jeszcze raz św. Ignacy). A w naszej mocy jest modlitwa za zmarłych. Dlaczego więc modlić się za zmarłych? Ponieważ oni potrzebują naszej miłości wyrażonej w modlitwie. Potrzebują tej odrobiny światła, by trafić do domu Ojca. Modlitwa za zmarłych jest ważną powinnością, bowiem nawet jeśli odeszli w łasce i w przyjaźni z Bogiem, być może potrzebują jeszcze ostatniego oczyszczenia, by dostąpić radości nieba (JP II, Rozważanie przed modlitwą „Anioł Pański”, 2 listopada 2003).

Podstawą modlitwy za zmarłych jest wiara w zmartwychwstanie. Dusza człowieka po śmierci nie znika, nie rozpływa się jak dym, tylko oczekuje na zmartwychwstanie. Już w Starym Testamencie czytamy, że świętą i zbawienną rzeczą jest modlić się za umarłych, aby byli uwolnieni od swoich grzechów. Jest to podstawa nauki Kościoła o czyśćcu. Katechizm Kościoła Katolickiego naucza: „Ci, którzy umierają w łasce i przyjaźni z Bogiem, ale nie są jeszcze całkowicie oczyszczeni, chociaż są już pewni swego wiecznego zbawienia, przechodzą po śmierci oczyszczenie, by uzyskać świętość konieczną do wejścia do radości nieba”.